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En 1894, Steiner publicó La filosofía de la libertad, obra fundamental sobre su teoría del conocimiento. Este libro incorpora esencialmente los conceptos que desarrollaría más adelante en la antroposofía. El objetivo de Steiner era crear una ciencia de la mente empleando el método riguroso de las ciencias naturales, incluyendo en su investigación tanto el mundo natural como el sobrenatural. En este libro, Steiner se propuso refutar la noción, sólidamente aceptada desde Kant, de que existen límites absolutos en la capacidad del conocimiento del hombre. Según Kant, el hombre sólo puede tener percepciones sensoriales que son esencialmente subjetivas, por lo tanto nunca puede llegar a conocer la realidad objetiva. Steiner señala que la realidad llega hasta nosotros dividida en dos partes, por decirlo así: una en forma de percepción sensorial y la otra como concepto o pensamiento. El hombre, mediante su propia actividad interna, tiene que unir las dos partes si quiere llegar a conocer la realidad. Este fenómeno de separación entre percepción y concepto es la verdadera base de la libertad humana. La experiencia del mundo no nos llega de manera preparada y predeterminada. Solamente una parte de la realidad nos llega a través de nuestros sentidos. Si no tenemos un concepto relacionado con ella, no podemos experimentar nada. Steiner insiste en que el hombre debe unir el pensamiento a sus percepciones sensoriales pero que este pensamiento no debe estar ligado al mundo de los sentidos, sino libre de todo lo que esté relacionado con ellos. Por percepción, Steiner no se refiere simplemente a la percepción sensorial. Nuestros sentimientos también son órganos de percepción, exactamente igual que nuestros ojos y nuestros oídos. En la búsqueda de conocimientos hay que tener en cuenta lo que se ha obtenido subjetivamente, con la misma objetividad que se tiene respecto a la información proporcionada por los aparatos científicos experimentales. Desde cierto punto de vista, el progreso en el campo de los conocimientos va unido esencialmente al aprendizaje, perfeccionamiento y ampliación de los poderes de observación. Pero la observación del mundo, en cada nivel de la vida física, mental y espiritual, tampoco constituye todavía el conocimiento de la realidad. El conocimiento sólo llega con la intervención del pensamiento, purificado de todos los elementos subjetivos y no espirituales. Con el fin de crear una base sólida para este trabajo, estudió filosofía, matemáticas y ciencias naturales. Si tenía que contribuir en algo a la vida cultural de Occidente, debía comprobar exactamente por sí mismo hasta qué punto la imagen se habíacreado por dichas ciencias correspondía a la realidad. A los veintiún años, Steiner recibió el encargo de hacer una recopilación de las obras científicas de Goethe, quien había reconocido las grandes aportaciones -aunque también las limitaciones del enfoque reduccionista de la naturaleza. Los defensores de dicho enfoque afirmaban que «aunque la vida puede reducirse a sus elementos, no puede volver a reconstruirse con ellos, ni revitalizarse». En La metamorfosis de las plantas, Goethe se esforzó por establecer la base de una nueva ciencia de la naturaleza orgánica. Partiendo de estos trabajos, Steiner publicó sus propios pensamientos sobre la nueva ciencia orgánica, e hizo algo que Goethe siempre procuraba evitar: reflexionar sobre sus propios pensamientos. Sólo de esta manera Steiner podía demostrar que el método de estudio de la naturaleza de Goethe era científico. El sistema rítmico de circulación y respiración, que es la base fisiológica de la vida sentimental. La diferencia esencial entre estos tres sistemas reside en que la actividad del sistema nervioso, concentrada en la cabeza, tiene su centro en un punto, mientras que el sistema metabólico posee una calidad más periférica y extendida. Las células cerebrales y nerviosas son altamente especializadas y mueren continuamente, mientras que las células situadas en el polo metabólico tienden a conservar una capacidad activa y regenerativa. El polo de los nervios y sentidos también puede describirse como el polo frío que siempre está en reposo, mientras que el metabolismo se acompaña de calor y movimiento. Steiner destacó lo que él llamaba «el proceso de muerte continua de las células nerviosas», refiriéndose a que el estado de conciencia surge como resultado de la continua liberación de vida orgánica a partir de. la materia. Esta polaridad es la base antroposófica tanto de la fisiología como de la patología, y proporciona una clasificación fundamental de las enfermedades: por una parte, aquellas en las que existe una actividad excesiva del polo metabólico (condiciones inflamatorias); y por otra, aquellas en donde hay una preponderancia del polo nervioso-sensorial (condiciones degenerativas y tumores). La sangre se mueve continuamente entre estos dos polos del organismo humano. Las corrientes frías y cálidas se reúnen en el corazón, que actúa como órgano sensorial ·donde se manifiestan los sutiles mecanismos dinámicos del pensamiento y de la voluntad. Gracias a esta representación del cuerpo humano podemos llegar a una nueva comprensión de la interrelación que existe entre el espíritu, el alma y el cuerpo.
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